El link al post de head fi que te acaban de poner lo explica muy bien. En principio, si usas la salida USB, el trabajo completo lo hace el DAC externo, si usas coaxial u óptica, parte del trabajo lo está haciendo el DAC de tu tarjeta de sonido dedicada (si la hay), o el propio de la placa madre.
Sobre el papel, por tanto, es preferible que los datos estén lo menos procesados posibles, y por lo tanto, sobre el papel, siempre será mejor sacar el sonido por USB que por coaxial/toslink.
Pero esto es solo sobre el papel, existe un mónton de factores que pueden influir en el resultado final, y algunos de ellos pueden hacer preferible la otra opción: interferencias electromagnéticas transmitidas por el cable USB (inexistentes en la salida óptica), que el cable USB sea malillo, que tengas que tirar mucha distancia de cable (en cuyo caso siempre será mejor la salida optica), que la fuente de alimentación de tu ordenador sea una ruina, un reloj más preciso en el ordenador que en el propio DAC, que la toma USB del DAC sea asíncrona o no, etcétera, etcétera, etcétera.
Para acabar con todos esos problemas, una buena manera de hacerlo es un conversor USB a SPDIF/COAXIAL, que interpones entre el DAC y el ordenador. Ahora bien, es un gasto. También hay DACS con buenas tomas USB, y otras no tan buenas.
La única solución es ir probando. En mi experiencia, hay conexiones que me han dado problemas, otras que no, y en otras, me ha sido imposible distinguir entre una solución y otra. Si tienes un buen DAC con toma USB, y no tienes problemas (ruidos, etc,), ¿para qué cambiar?
Saludos
A.