Hola rodaballo, no te puedo contestar ahora con más precisión porque normalmente (como ahora mismo) uso Linux pero juraría que en el iTunes, en el listado o vista de canciones, hay una columna que pone (no recuerdo bien ahora mismo): marked, selected, que nunca supe para que servía. Bien, un día por casualidad descubrí que la sincronización automática entre la biblioteca y el iPod se produce para las canciones que están marcadas. Si no quieres que unas canciones, o albumes enteros, se sincronicen automáticamente con el iPod los "desmarcas" y ya está.
Yo tengo un iPod nano de 2GB y, la verdad, simpre temino moviendo las canciones manualmente de la biblioteca al iPod. Mañana cuando rearranque en Windows vuelvo a mirar lo que te acabo de escribir.