También tengo la Ipod con Rockbox y uso varios formatos, que comparto con otros reproductores.
Mi preferido el FLAC, también. Pero un MP3 a 256, para la calidad de sonido de una Ipod creo que está bien y siempre podrás pasarlo a otros reproductores un día sin tener que repetir el trabajo de compresión. En cualquier caso, FLAC está cada vez más extendido, pero tendrías que instalarte Rockbox, lo cual es muy recomendable.